天人合一
中国古代学问无不以“探究天与人的关系”为核心目标，《周易》提出的并被《内经》继承与发展的太极一元论，正是华夏思维体系中天人合一整体思维的体现。《周易·系辞传》提及：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。八卦定吉凶，吉凶生大业。”此处不仅追溯了八卦的起源，也阐明了《周易》作者的宇宙生成理论。这个原始的太极概念，即“广阔完备，包含天道、人道、地道”的多元世界的根本来源。换言之，天与人原本是一个整体，伏羲能够绘制八卦，正是遵循了这一太极一元论。他“仰观天象，俯察地理，观察鸟兽纹理与地形特征，近取自身，远取万物，从而创作八卦，以通晓神明之德，以类比万物之情。”（《系辞传》）正因为如此，《易》才能“与天地相符”，才能“总括天地之道”。
《内经》继承了《周易》的天人合一整体观念，将人体视为自然界的一部分。因此，在观察人体生理病理变化时，主张不应仅仅局限于机体本身，而应看到人与自然界的有机联系。《内经》提到：“道者，上知天文，下知地理，中知人事。”（《素问·气交变大论》）也就是说，只有像《周易》所阐述的那样，将天道、地道、人道相结合，进行综合考量，才能准确把握医道。
由于《内经》体现了天人合一的整体观念，特别强调天时物候变化对人类生理病理的影响。反复指出，要正确理解人体病情的变化，必须首先做到“顺应天序，把握盛虚之时，依据日月星辰的位置，端正站立等待时机。”（《素问·八正神明论》）将正确掌握日月星辰、季节气候的变化视为正确理解人体生理病变的前提条件。这种方法，与《周易·系辞传》中提出的伏羲通过仰观俯察、近取远取绘制八卦的方法是一脉相承的。乍一看，研究人体病变时不去直接观察机体本身，而是强调先掌握季节气候变化，似乎显得迂腐而不切实际，但实际上并非如此。中国传统医学中的天人合一理念，并非古代阴阳家学派中某些人提倡的神秘主义天人感应论。前者是在长期医疗实践中认识到人体与天时气候密切相关。天时气候的异常和交互作用，会引起人体适应性变化，从而引发各种疾病。这种变化看似难以捉摸，实则有规律可循。这是中国传统医学中自发的唯物主义思想和朴素的辩证法观念。它使中国传统医学一开始就避免了那种头痛医头、脚痛医脚的片面机械方法。而神秘主义的天人合一思想，虽然也关注自然界与人事间的联系，但它只着眼于两者之间的某些偶然联系，并进一步夸大这些联系，对天人关系作出神秘主义解释。因此，最终必然走向鬼神迷信的唯心主义方向。《内经》强调使用“观测日月星辰、四季、八方正位”来研究人体生理病理的方法，不但正确继承和发展了《周易》强调的天人合一整体观念的积极方面，还奠定了中国古代医疗气象学的基础，作为指导临床辨证论治的重要参考依据，体现了中国传统医学“效法自然法则”的独特风格。
世界统一于“气”，“气”是构成世界的最基本元素，自然界包括人体的演变，最终均由气的变化决定。这种气一元论思想又从另一个角度体现了《周易》和《内经》以及后来易学和医学的天人合一整体观念。气一元论作为世界观很早就广泛流行于我国古代哲学、人文、科技各领域。西周末期的伯阳父曾用阴阳二气的变化解释地震灾害的发生原因，后来春秋末期的老子、战国中期的稷下道家乃至战国末期的荀子，都对气化论有所论述。《周易》古经的卦爻辞虽未提及气，但在成书于战国时期的《易传》中多处运用气化思想解释《易经》卦爻的变化，并体现出气一元论思想。在较早成书的《说卦传》中，作者在解释“艮”和“兑”这两卦的关系时，提出了“山泽通气”的观点。《文言传》在解释《乾》卦初九爻辞的“潜龙勿用”时，将“龙”解释为“阳气”，认为“潜龙勿用”象征着“阳气潜藏”的初期阶段。接着在解释九五爻辞的“飞龙在天，利见大人”时，又指出这是“同声相应，同气相求”的象征。《象传》在解释《咸卦》卦辞“亨，利贞，取女吉”时，认为《咸卦》的卦象是《艮》下《兑》上，象征男女结合，可以说这是“二气感应以相与”。这里甚至将男女结合说成是阴阳二气的互相感应。《系辞传》更明确指出，“精气为物，游魂为变”，把人的生死看作是气化的结果。由于《周易》特殊的历史地位，其气化论对后世，特别是对中国传统医学产生了较大影响。
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